El tubo digestivo endodérmico creado por el plegamiento del embrión durante la cuarta semana, consiste en un intestino anterior cefálico y un intestino posterior caudal, ambos con sus extremos cerrados en fondo de saco, y un intestino medio abierto al saco vitelino a través del conducto vitelino. La irrigación arterial del intestino se desarrolla gracias a la consolidación y reducción de las ramas ventrales de las aortas dorsales que se anastomosan con los plexos vasculares que inicialmente irrigan el saco vitelino. Alrededor de cinco de estos derivados de las arterias vitelinas irrigan el intestino anterior torácico y tres riegan el intestino abdominal. Por convención, los límites entre los intestinos anterior, medio y posterior del tubo digestivo abdominal se establecen en relación con los territorios respectivos de estas tres arterias.
En la quinta semana, la porción abdominal de intestino anterior aparece visiblemente dividida en esófago, estomago y duodeno proximal. En un principio, el estomago es fusiforme y crecimiento diferencial de sus paredes dorsales y ventral produce las curvaturas mayor y menos. Entretanto, se forman los esbozos hepáticos, cístico y de los divertículos pancreáticos dorsal y ventral que surgen del duodeno proximal en el mesogastrio y de los que derivan, respectivamente, el hígado, la vesícula biliar y el páncreas. Además, en el mesogastrio dorsal se condensa el bazo a partir del mesénquima.
Durante la sexta y séptima semana, el estómago rota alrededor de sus ejes longitudinales y dorsoventral, de forma que la curvatura mayor termina por dirigirse hacia el lado izquierdo y ligeramente hacia el extremo caudal del embrión. Esta rotación produce una desviación del hígado hacia la derecha en la cavidad abdominal y hace que el duodermo y el páncreas entren en contacto con la pared posterior del cuerpo, donde quedan fijados. Este hecho convierte el espacio dorsal al estómagorotado y el mesogastrio dorsal en un receso denominado bolsa omental. El fondo de saco mesogastrio dorsal que constituye el limite lateral izquierdo de la bolsa omental experimenta después de una gran expansión para dar lugar a una estructura en forma de cortina, el epiplón mayor, que cubre las vísceras abdominales inferiores.
El intestino medio se diferencia para reproducir el duodeno distal el yeyuno, el íleon, el ciego, el colon ascendente y los dos tercios proximales del colon transverso. El futuro íleon crece en longitud con mayor rapidez que la cavidad abdominal, por lo que hacia la quinta semana, el intestino medio se ve obligado a formar un pliegue en forma de horquilla, el asa intestinal, que se hernia por el ombligo durante la sexta semana. A medida que el asa intestinal primitiva se hernia, rota 90° alrededor de su eje longitudinal en sentido contrario a las agujas del reloj, de forma que el futuro íleon queda a la izquierda y el futuro intestino grueso, a la derecha. Entretanto se diferencian el ciego y el apéndice y el yeyuno y el íleon continúan aumentando la longitud. Durante la decima a la duodécima semana, el asa intestinal vuelve a la cavidad abdominal y rota otros 180° en sentido contrario a las agujas del reloj hasta alcanzar la configuración definitiva de los intestinos delgados y grueso.
Del intestino posterior derivan el tercio distal del colon transverso, el colon descendente, el sigma y el recto. Inmediatamente por encima de la membrana cloacal, el tubo intestinal primitivo desarrolla una expansión denominada cloacal. Durante la cuarta a la sexta semana, un tabique urorrectal divide la cloaca en un seno urogenital primitivo anterior, del que derivan las estructuras urogenitales, y el recto, que ocupa una posición posterior. El tercio distal del canal anorrectal se forma a partir de una invaginación del ectodermo denominada fosa anal.
Entre la sexta y octava semana, la proliferación del epitelio ocupa luz intestinal hasta formar un tubo solido que después recanaliza de manera gradual.
